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《天津医科大学学报》[ISSN:1006-8147/CN:12-1259/R]

卷:

31卷

期数:

2025年01期

页码:

19-24

栏目:

生物信息学及网络药理学专题

出版日期:

2025-01-20

文章信息/Info

Title:

The mechanism of salvia miltiorrhiza in the treatment of idiopathic tinnitus based on network pharmacology and molecular docking

文章编号:

1006-8147(2025)01-0019-06

作者:

王俊臻¹; 霍磊²

（1.天津中医药大学第二附属医院耳鼻喉科，天津300250；2天津中医药大学第二附属医院中医外科，天津 300250）

Author(s):

WANG Junzhen¹;  HUO Lei²

（1. Department of Otolaryngology， The Second Affiliated Hospital of Tianjin University of Traditional Chinese Medicine，Tianjin 300250，China；2.Department of Surgery， The Second Affiliated Hospital of Tianjin University of Traditional Chinese Medicine， Tianjin 300250，China）

关键词:

丹参; 特发性耳鸣; 网络药理学; 分子对接; 作用机制

Keywords:

salvia miltiorrhiza;  idiopathic tinnitus;  network pharmacology;  molecular docking;  action mechanism

分类号:

R25

DOI:

10.20135/j.issn.1006-8147.2025.01.0019

文献标志码:

A

摘要:

目的：通过网络药理学及分子对接研究丹参治疗特发性耳鸣的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选丹参的药物成分，使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点；运用人类基因组数据库（GeneCards）及人类孟德尔遗传疾病在线数据库（OMIM）获取特发性耳鸣的疾病靶点，利用venny 2.1获取交集靶点。使用String进行蛋白质互作（PPI）网络分析并使用Cytoscape构建网络图，利用DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。使用Cytoscape软件构建“成分-靶点-通路”网络图。利用化学数据库（PubChem）、生物大分子结构数据库（PDB）及分子可视化软件（PyMoL）、AutoDockTools1.5.7软件进行分子对接。结果：研究发现丹参中的31个有效成分通过多条通路直接作用于13个疾病靶点以治疗特发性耳鸣，其中黄体素、毛地黄黄酮、诺坦申酮、隐丹参酮等是核心成分，PTPT11、TERT、STAT3、MMP9、AKT1蛋白是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示，交集基因最可能相关的生物过程主要涉及对紫外线-A的细胞反应、内在凋亡信号通路的负调控、细胞对脂多糖的反应、对凋亡过程的负调控等，细胞组分主要涉及细胞外空间、细胞外泌体、细胞外基质、核质和等离子膜等，分子功能主要涉及丝氨酸型内肽酶活性、肽链内切酶活性、肽酶活性、金属内肽酶活性和ATP结合等。通路富集分析结果提示，丹参主要参与脂质和动脉粥样硬化、松弛素、脂肪细胞因子、催乳素（PRL）、白细胞介素（IL）-17、内分泌抗性、肿瘤坏死因子（TNF）、雌激素等信号通路。分子对接显示黄体素和MMP9、TERT、AKT1靶点具有较好的结合力。结论：丹参主要通过调节脂质和动脉粥样硬化、松弛素、脂肪细胞因子、PRL、IL-17、内分泌抗性、TNF、雌激素等信号通路的PTPT11、TERT、STAT3、MMP9、AKT1等靶点治疗特发性耳鸣。

Abstract:

Objective： To study the mechanism of salvia miltiorrhiza in the treatment of idiopathic tinnitus through network pharmacology and molecular docking. Methods： The drug components of salvia miltiorrhiza were screened using the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform （TCMSP）， and the Swiss Target Prediction was used to predict the target of drug components. GeneCards and OMIM were used to obtain disease targets of idiopathic tinnitus， and venny 2.1 was used to obtain intersec-tion targets. Protein-protein interaction （PPI） network analysis was conducted using STRING， and network diagram was constructed with Cytoscape.Gene ontology（GO） and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG） analysis were performed using DAVID database. The Component-Target-Pathway network diagram was constructed using Cytoscape software. Molecular docking was performed using chemical databases（PubChem）， biomacromolecule structure databases（PDB）， molecular visualization software（PyMoL） and AutoDock Tools1.5.7 software. Results： It was found that 31 active components of Salvia miltiorrhiza directly acted on 13 disease targets to treat id-iopathic tinnitus through multiple pathways， among which lutein， digitalone， notemschenone and cryptotanshinone were core components， and PTPT11， TERT， STAT3， MMP9 and AKT1 were crucial targets. The results of gene function annotation analysis showed that the biological processes most likely related to intersection genes mainly involved cellular response to UV-A，negative regulation of intrin-sic apoptotic signaling pathway， cellular response to lipopolysaccharide， negative regulation of apoptotic process， etc. Cell components mai-nly involved extracellular space， extracellular exosome， extracellular matrix， nucleoplasm， plasma membrane， etc. The molecular functions mainly involved serine-type endopeptidase activity，endopeptidase activity，peptidase activity，metalloendopeptidase activity，ATP binding and so on. The results of pathway enrichment analysis showed that salvia miltiorrhiza was mainly involved in lipid and ather-osclerosis， relaxin， adipocytokine， prolactin （PRL）， interleukin （IL）-17， endocrine resistance， tumor necrosis factor （TNF）， estrogen and other signaling pathways. Molecular docking analysis showed good binding force between lutein and the targets of MMP9， TERT， and AKT1. Conclusion： Salvia miltiorrhiza treats idiopathic tinnitus by regulating PTPT11， TERT， STAT3， MMP9， AKT1 and other targets of lipid and atherosclerosis， relaxin， adipocytokine， PRL， IL-17， endocrine resistance， TNF， estrogen and other signaling pathways.

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基金项目：天津市医学重点学科（专科）建设项目（TJYXZDXK一029A）
作者简介：王：：凯（1996-），男，医师，硕士，研究方向：冠心病介入、心力衰竭；通信作者：刘彤，E-mail：liutongdoc@126.com。

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更新日期/Last Update: 2025-02-10